Schau mal hier:
https://www.bike-parts-honda.de/honda-motorrad/650-MOTO/XR/2004/XR650R4/Chassis/HINTERRAD-BREMSSATTEL/13MBNY41/F__1200/2/13137Das dürfte ja das Teil mit der Nummer 3 sein, das wird in die obere Seite der Bremszange geklemmt (hält aber nicht ausgesprochen gut, evtl. die Haltefedern etwas nachbiegen), so dass die lange Seite der Bremsbeläge darin aufliegt, wenn mich nicht alles täuscht. Gibt eigentlich nur eine Position, in der das Sinn macht, wenn man etwas herumprobiert, so gings mir zumindest damit.
Wenn du nicht das originale Thermostat gekauft hast (weil sauteuer) sondern eines der vielen beinahe (!) identen aus dem allgemeinen Kfz-Handel, dann musst du ein Loch in den Flansch bohren, wie beim originalen. Das ist der einzige Bypass für die Kühlflüssigkeit solange das Thermostat geschlossen ist, ohne gibt's keinen funktionierenden Kühlkreislauf und damit den Motortod.
Entlüften ist relativ simpel wenn alles richtig angeschlossen ist: Anstarten, bisschen warm laufen lassen, paar mal am Gas ziehen, evtl. mal nach links und rechts neigen währenddessen. Dann im Ausgleichsbehälter nachfüllen, wenn der Motor nachgezogen hat. Ich hab den Kühlerdeckel während dem Entlüften unten gelassen, meistens sind ein paar cm Füllhöhe nachgesackt.